조세심판원도 "요건 엄격히 적용해야"…납세자 청구 '기각'
행정법원 "20일간의 중복보유 실질상 1주택…과세형평 어긋나"
"보유 목적·거래 경위 종합해 판단해야…형식 아닌 '실질' 봐야"
서울행정법원이 조정대상지역 내 '일시적(20일간) 2주택' 상태에서 1년 이내 전입신고 요건을 미충족했다는 이유로 양도소득세 1세대 1주택 비과세 혜택을 배제한 세무서의 처분을 취소했다. 조세심판원도 이 납세자의 주장을 받아들이지 않았지만, 법원은 "조세의 엄격한 집행보다는 거래의 실질과 과세형평을 봐야 한다"며 과세당국과 심판원의 판단을 뒤집었다.
A씨는 2001년부터 서울 마포구의 단독주택(종전주택)에 거주해왔다. 이후 2020년 9월 해당 주택을 17억7000만원에 매도하기로 계약하고, 계약금과 중도금을 받은 뒤 2021년 1월 18일 매수인에게 소유권이전등기(매도일)를 마쳤다.
그보다 앞서 A씨는 2020년 11월 19일 마포구의 한 아파트(신규주택)를 11억2500만원에 매수하고 그해 12월 29일 소유권이전등기(매수일)를 마쳤다. 이로 인해 2020년 12월 29일부터 2021년 1월 18일까지 '약 20일간 2주택 상태'가 됐다.
A씨는 이 거래를 '조정대상지역 내 일시적 2주택에 해당하는 1세대 1주택 비과세'로 판단해 2021년 2월, 양도소득세 2377만 원을 자진 신고·납부했다. 그는 당시 종전주택이 고가주택(9억 원 초과)에 해당함에 따라 비과세 한도(9억 원)를 초과하는 양도차익 부분에 대해서만 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하는 방식으로 과세표준을 산정했다.
그러나 관할 세무서는 이를 인정하지 않았다. "A씨가 신규주택 취득 후 1년 이내(2021년 12월 29일)에 세대 전원이 전입신고를 하지 않았다"며 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 않았다고 본 것이다. 이에 따라 과세표준을 8억200만원으로 조정하고, 양도세 3억6800만원(가산세 포함)을 부과했다.
■ 조세심판원 "신규주택 매수 후 1년 내 전입신고 안했다.. 과세 정당"
A씨는 이에 불복해 조세심판원에 심판청구를 제기했으나, 작년 7월 기각 결정을 받았다. 심판원은 "신규주택 취득일로부터 1년 내 전입신고를 마쳐야 한다는 당시 소득세법 시행령(제155조 제1항 제2호) 요건을 충족하지 않았다"며 과세가 정당하다고 판단했다.
또한 "조세법률주의는 비과세나 감면 요건에도 엄격히 적용돼야 하며, 사회통념상 일시적 중복 소유라는 주장으로 법률 요건을 완화할 수는 없다"고 밝혔다. 억울했던 A씨는 곧바로 소송전에 돌입했다.
■ 서울행정법원 "형식보다 실질…일시적 2주택, 실거주 목적 뚜렷해"
그러나 서울행정법원의 판단은 달랐다. 지난 8월 27일 법원은 A씨가 단기간 2주택을 보유한 것은 단순히 잔금 시기 조율에 따른 형식적 중복일 뿐이라며, 실질적으로는 1세대 1주택의 양도에 해당한다고 판단했다. 판단 근거로 ▲거주이전 목적 ▲실거주 의사 ▲전입신고를 못한 불가피한 사정 ▲2주택 기간 20일이라는 짧은 기간을 들었다.
먼저 거주이전 목적이 인정됐다. A씨는 종전주택 매도계약(2020년 9월) 후 2개월 만에 신규주택 매수계약(2020년 11월)을 체결했다. 재판부는 "두 거래는 연속적이며, 매매대금 흐름상 신규주택은 종전주택을 대체하기 위한 실수요 목적이었다"며 "자금 구조상 두 주택을 동시에 취득할 능력이 없고, 순수한 거주이전 목적이었다"고 봤다.
실거주 의사도 인정됐다. 신규주택 매도인이 자녀 졸업 시까지 거주하기를 희망하자, 공인중개사의 중개로 A씨는 같은 단지 내 다른 아파트를 임차해 전세로 거주했다. 재판부는 "이는 매물 부족 상황에서 임대기간을 맞춘 거래는 현실적인 선택이며, 투기 목적이라 보기 어렵다"고 했다.
■ 인정된 전입신고 미충족 사정…"주택거래 현실 고려해야"
서울행정법원은 A씨가 신규주택 매수 후 1년 이내 전입신고를 하지 못했던 '불가피한 사정'을 인정했다. A씨가 같은 단지 내 다른 아파트에 임차했던 곳의 보증금 반환이 지연돼 신규주택에 입주하지 못했고, 신규주택 매도인이 계속 거주하게 됐다. A씨는 결국 '보증금 반환 문제'로 신규주택에 입주하지도 못한 채 종전주택 양도세 납부를 위해 2023년에 신규주택을 매도했다.
이에 대해 재판부는 "A씨는 신규주택 입주를 위해 임대차 계약 기간을 맞췄지만, 보증금을 돌려받지 못하면서 신규주택에 입주하지도 못하고 결국 세금 납부를 위해 신규주택을 팔기까지 했다"라며 일시적 2주택 소유는 투기목적이 아니라고 봤다. 또 "비과세 요건 미충족과 별개로 보유기간 20일은 주택거래 현실에 비춰 일시적이라 볼 수 있으며, 과세대상으로 보기 어렵다"고 판단했다.
서울행정법원은 이 같은 사정을 종합해 A씨의 양도는 형식적으로는 거주요건을 충족하지 못한 건 맞지만, 실질적으로 1세대 1주택 양도에 해당하며, 이를 2주택 양도로 본 세무서의 처분은 위법하다고 판시했다(2024구단71520).
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